Alors qu'Elkaizer entache encore une fois la puissance des meganekko, j'arrive tel un sauveur, pour répandre la bonne parole tel un apôtre ! o/
Yuki est bel et bien supérieure AVEC lunettes ! (arf ça manque de smiley ici, je ferais sans

)
Que l'on dissocie avant tout Disappearance Yuki et Megane Yuki. Seul les lunettes comptent ici, qu'elle soit moe n'entre pas jeu (sachant qu'elle était déjà moe avant la Disparition).
Les lunettes chez Yuki, ça permet direct de cerner le personnage, que ce soit son côté rat de bibliothèque ou "geek", sachant que ses lunettes sont du même type que celle de Yomiko Readman (Read or Die), large et haute qui sont les lunettes de bookworm par excellence, opposés aux lunettes plus fine qui donnent un air plus sévère. Même au niveau de sa personnalité, dans une de ses premières apparitions, ses lunettes sont rendus opaques par la lumière, un effet que l'on peut comparer aux lunettes de Gendo dans Evangelion, qui rendent les intentions du personnage incertaines, ce qui dans le cas présent renforce la kuudere-itude de Yuki.
Dans sa déclinaison Disparition,
les lunettes agissent comme une marque de la remise à zéro de la relation entre Kyon et Yuki. On peut d'ailleurs imaginer que Yuki a fait elle-même le choix de se recréer avec lunettes, afin de laisser un autre choix à Kyon.
Il a d'abord eut le choix entre rentrer dans chez lui ou rester dans l'univers parallèle. Si il était rester, il aurait pus avoir le choix entre laisser ses lunettes à Yuki (devenir amis) ou lui suggérer de les enlever (aller un peu plus loin).
C'est aussi, et très naturellement, une manière classique de souligner sa personnalité timide et renfermée.
Plus qu'un simple moyen de la rendre encore plus mignonne qu'elle ne l'est déjà, les lunettes de Yuki servent même l'histoire

(TL;DR)
Yuki est donc infiniment supérieure avec des lunettes ! \o/
Toujours présent pour défendre la Meganekko #1 !
(Ce post atteint un degré de fanatisme assez avancé, libre à vous de le prendre aux sérieux ou non o/)